В случае неиспользования договоров и использования соглашений валюта взаиморасчетов определяется: 

1. Валютой, указанной в соглашении 

2. Валютой, указанной в заказе 

3. Валютой указанной в документе поступления или отгрузки товара 

4. Варианты 2 или 3 

5. Верны все варианты

У партнера Ассоль в демо-базе есть два подходящих соглашения, одно по заказам, другое по накладным.  

e1cib/data/Справочник.СоглашенияСКлиентами?ref=869d0050568b35ac11e4d16910e04589

e1cib/data/Справочник.СоглашенияСКлиентами?ref=80d3b06ebf31a92911e9718cdd18e298

Схема проверки простая:

1. Мы берем каждое соглашение, на основании делаем по одному заказу.
2. По заказу с детализацией "по заказам" будет произведена запись в регистр "Расчеты с клиентами". И именно из заказа будет заполняться валюта взаиморасчетов в движениях регистра. 
3. По заказу с детализацией "по документам расчетов" запись в регистр не будет выполняться. Делаем на основании документ реализации, меняем произвольно валюту и проводим его.
4. Отмечаем, что записи в регистр "Расчеты с клиентами" производятся в валюте документа реализации. 

Итого, правильный вариант - 2 или 3.